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Após sua formatura, tentou escrever para os jornais artigos em defesa dos trabalhadores, no escritório que montou na casa de seus pais. Sem lograr maior repercussão com o que escrevia, desistiu de escrever e viveu algum tempo como um tipo boêmio no Greenwich Village, bairro dessa classe em Nova York. Seu temperamento inquieto, no entanto, não se prestava para a boa vida de um boêmio, e decidiu retornar aos estudos. Matriculou-se no curso de Psicologia da Universidade de Harvard. Sua convicção materialista o fez confrontar a influência da psicologia introspectiva, dominante na universidade, tornando-se seguidor de Watson e abraçando com determinação fanática o behaviorismo.
Em 1936 obteve uma colocação na Universidade de Minesota, em Minneapolis, e lá casou com Yvone Blue. Durante os anos em que lá permaneceu, realizou experiências com pombos, aves que abundavam nos nichos, janelas e frestas dos prédios da Universidade. Procurando difundir suas idéias, enquanto trabalhou na Universidade de Minesota escreveu The Behavior of Organisms e iniciou a novela Wooden II, sobre uma comunidade utópica, criada e desenvolvida de acordo com os princípios behavioristas. Em 1945 tornou-se chefe do Departamento de psicologia da universidade de Indiana. Iniciou lá seu projeto de uma "caixa educadora para bebê", um compartimento de vidro com ar condicionado e temperatura controlada, no interior do qual era colocada a criança para aprender por meio de reflexos condicionados. Sua segunda filha ficou famosa por ter sido o primeiro bebê a ser criado dentro deste seu invento, uma experiência criticada e reprovada por muitos de seus contemporâneos.
Skinner chegou a desenvolver uma máquina de ensino onde o estudante poderia aprender, pouco a pouco, encontrando as respostas que davam um prêmio imediato. Um ateu e materialista como Freud e Vygotsky, Skinner não tinha nenhum interesse em compreender a mente humana. Era estritamente um behaviorista, como John Watson e preocupava-se somente em determinar como o comportamento era causado por forças externas. Ele acreditava que tudo que fazemos e que somos, é moldado pela nossa experiência de punição e recompensa. Provocativo, polêmico, e um excelente publicitário de suas próprias idéias, acreditava que o espírito e outros fenômenos subjetivos eram apenas questão de linguagem, e não existiam realmente. Afirmava que não existe liberdade nem dignidade. O homem bom faz o bem porque o bem é recompensado, e a sociedade poderia ser controlada, e criada uma nova cultura, se o indivíduo bom fosse automaticamente recompensado e o mau cidadão fosse automaticamente punido ou eliminado. Em 1948, após nove anos em Minnesota, ele foi convidado a passar para a Universidade de Harvard, onde permaneceu o resto de sua vida. Faleceu em 18 de agosto de 1990, já no declínio de sua fama e do prestígio de sua corrente psicológica.
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